克伦特罗给使用者带来副作用，主要是源于刺激的特质，毕竟是一种兴奋剂，最常见的副作用比如神经紧张，手抖和出汗，通常会出现在使用初期，但是随时间使用，耐受后会慢慢消失，如果不能很好的耐受那就不要使用。

在使用克伦，当克伦副作用慢慢消失，产热作用也不再有效，这是错误的认知，同样剂量克伦可以持续提高新城代谢率长达5周，第五周后身体对这种兴奋逐渐适应产热效果也递减，所以就需要根据实际适当调整计划跟剂量问题，来达到更好的效果。

除了上述，克伦特罗还有其他一些列副作用例如头疼，恶心，最令运动员讨厌的是肌肉痉挛，通常发生在高强度的运动中，摄入充足的水分跟牛磺酸能很好的避免这个问题，克伦特罗也能消耗体内牛磺酸，所以使用者适当补充牛磺酸，克伦特罗还能引起失眠，其实很多兴奋剂能导致失眠，克伦特罗半衰期34小时所以影响睡眠，许多人在早晨服用可能避免失眠问题，如果本来失眠的人用与否还是失眠。（避免晚上使用）

滥用克伦特罗还有一些比较严重的副作用，甚至比较危险，高剂量长周期的使用，这些副作用包括：高血压，心律不齐，颤栗甚至间接性惊慌失措，有些研究表明克伦特罗滥用会导致心脏肥大，严重可能导致死亡。